Մատենադարանի արխիվի և արխիվագիտության բաժինը ձևավորվել է Էջմիածնի վանքին առընթեր Կաթողիկոսական դիվանի հիման վրա‚ ուր պահվում են ավելի քան 42000 պատմամշակութային մեծարժեք փաստաթղթեր, այդ թվում` կաթողիկոսների կոնդակներ, կայսերական հրովարտակներ, օտարալեզու վավերագրեր:
Արխիվային բաժնում առկա են բազմաթիվ անձնական ֆոնդեր: Այստեղ պահվում է ավելի քան 500 000 արխիվային փաստաթուղթ, որոնք անգնահատելի աղբյուր են ինչպես հայ, այնպես էլ այլ ազգերի պատմական, տնտեսական, քաղաքական, հասարակական, կրոնական ու մշակութային կյանքը լուսաբանելու առումով: Հազվագյուտ օտարալեզու վավերագրերից են Եկատերինա II-ի, Պավել I-ի, Ալեքսանդր III-ի, Նիկոլայ II-ի, Նապոլեոն I-ի հրովարտակները, հնագույն պարսկերեն ֆերմաններն ու արաբատառ գրությունները: Արխիվային բաժնում են պահվում նաև հայ և եվրոպացի հայագետների, հայոց հոգևոր առաջնորդների, մշակույթի ու գիտության առաջատարների ինքնագրերը (հոդվածներ, աշխատություններ, նամակներ, անձնական փաստաթղթեր), լուսանկարները: Արժեքավոր ֆոնդերից են Ներսես Աշտարակեցու, Լազարյանների, Գարեգին Հովսեփյանի, Հակոբ Մանանդյանի, Արշակ Ալպոյաճյանի և այլոց արխիվային ֆոնդերը:
Ֆոնդերը շարունակում են համալրվել արխիվային մեծարժեք փաստաթղթերով: Համալրման գործում իրենց ներդրումն ունեն առանձին անհատներ, որոնց ջանքերի շնորհիվ տարբեր վայրերից հավաքվում և Մատենադարանին են նվիրաբերվում արխիվային տարաբնույթ հավաքածուներ: Վերջին տարիների ձեռքբերումներից են Համազասպ և Վիկտոր Համբարձումյանների, Սիրարփի Տեր-Ներսիսյանի, Վարագ Առաքելյանի, Խաչիկ Սամվելյանի, Նուպար Դավիթյանի, Լևոն Մկրտչյանի և այլոց ֆոնդերը, Ավո Հովհաննիսյանի, Ռուբեն Գալչյանի անձնական հավաքածուները, Եղիշե Չարենցի ձեռագրերը, Ադանայի Հայոց Առաջնորդարանի գործավարական մատյանները:
Մատենադարանի գիտական մասնաշենքում գտնվող արխիվապահոցը զինված է ջերմության, խոնավության և լույսի թույլատրելի նվազագույն ու առավելագույն չափաքանակները վերահսկող, նաև հակահրդեհային, արխիվային փաստաթղթերի կորուստն ու հափշտակումը կանխող, շուրջօրյա տեսահսկողությունն ապահովող սարքավորումներով:
Բաժնի վարիչ՝ Արմեն Մալխասյան
պատմական գիտությունների թեկնածու
Հեռախոս՝ (010) 513020, ներքին` 1-48