Մեսրոպ Մաշտոցի անվան Մատենադարանը բացառիկ արժեքավոր ձեռագրական հավաքածու ունեցող գիտահետազոտական ինստիտուտ և թանգարան է։ Մատենադարանի պատմությունը գալիս է դարերի խորքից, քանի որ նրա հավաքածուի հիմքը Ամենայն Հայոց կաթողիկոսության՝ Սուրբ Էջմիածնի ձեռագրական հավաքածուն է, որը մինչև 1939 թ. Երևան տեղափոխվելը, արդեն կոչվում էր «Մատենադարան» (այս բառը նշանակում է ձեռագրերի պահոց՝ մատյանների դարան, հավաքածու):
Հայոց կաթողիկոսարանում հայերեն մատյաններ գոյություն են ունեցել դեռևս Մեսրոպ Մաշտոցի ժամանակներից՝ 5-րդ դարի սկզբներից, իսկ հետագայում, կաթողիկոսարանը հաստատվել է տարբեր վայրերում, սակայն մշտապես ունեցել է ձեռագրական հավաքածու։ 1441 թ., երբ Հայոց կաթողիկոսական աթոռը վերահաստատվեց հիմնադրման վայրում՝ Ս. Էջմիածնում, հիմք է դրվել կաթողիկոսարանի նոր մատենադարանին, որի հավաքածուն հետագա դարերի ընթացքում աճել է։
Էջմիածնի Մատենադարանում ձեռագրական հավաքածուի կարգավորումն ու մատյանների համարակալումը սկսվում է 1828 թ., կազմվել է ձեռագրերի առաջին համառոտ ցուցակը (312 ձեռագիր)։ 1837 թ. կազմվել է երկրորդ՝ ավելի ընդարձակ ցուցակը (2340 ձեռագիր)։ 1892 թ. Էջմիածնի Մատենադարանում կար 3158, իսկ 21 տարի անց՝ 1913 թ.՝ 4060 ձեռագիր։
Առաջին աշխարհամարտի սկզբին՝ 1915 թ., այդ հավաքածուն պատերազմի վտանգից զերծ պահելու մտահոգությամբ, ամբողջովին տեղափոխվեց Մոսկվա և պահվեց տեղի հայկական եկեղեցում (Հայաստան վերադարձվեց 1922 թ.)։ Սակայն այդ պատերազմը կործանարար եղավ Արևմտյան Հայաստանի համար։ Օսմանյան կայսրությունում իրականացված Հայոց ցեղասպանությունը միաժամանակ մեծագույն հարված հասցրեց նաև հայ մշակույթին և ձեռագրական ժառանգությանը, հազարավոր մատյանների անդառնալի կորստի պատճառ դառնալով։ Այնուամենայնիվ, Հայոց Գևորգ Ե Սուրենյանց (1911-1930) կաթողիկոսի և մի շարք նվիրյալ անձանց ջանքերով հնարավոր եղավ 1915-1916 թթ. Էջմիածին տեղափոխել Վասպուրականից, Մուշից, Էրզրումից բերված և տարբեր ճանապարհներով փրկված շուրջ 1600 ձեռագիր։
Խորհրդային կարգերի հաստատումից հետո 1920 թ. դեկտեմբերի 17-ի դեկրետով Էջմիածնի կաթողիկոսարանի Մատենադարանը պետականացվում է։ 1939 թ. ձեռագրական հավաքածուն Էջմիածնից տեղափոխվում է Երևան և տեղակայվում Ալ. Մյասնիկյանի անվան Պետական գրադարանում (հետագայում՝ Հանրային գրադարան, այժմ՝ Ազգային գրադարան)։ Այդ ժամանակ հավաքածուն ընդգրկում էր 9690 հայերեն և 675 օտար լեզուներով ձեռագրեր։
Մատենադարանի համար հատուկ շենքի կառուցումը կարելի է համարել խորհրդային շրջանում հայ մշակույթի և մասնավորապես ձեռագրական հարուստ ժառանգության պահպանության ուղղությամբ կատարված բացառիկ կարևորության մի ձեռնարկ։ Մատենադարանի այժմյան թանգարանային շենքի կառուցումը իրագործվեց 1945-1959 թթ. (ճարտարապետ Մարկ Գրիգորյան)։ Դրանից հետո Մատենադարանը հաստատվում է նորակառույց շենքում, իսկ 1959 թ. մարտի 3-ին Խորհրդային Հայաստանի կառավարության որոշմամբ այն վերածվում է Հին ձեռագրերի գիտահետազոտական ինստիտուտի։ Այս շրջանում Մատենադարանի տնօրեն Լևոն Խաչիկյանի ջանքերով Մատենադարանը լիարժեքորեն կայանում է որպես գիտահետազոտական ինստիտուտ, կարճ ժամանակում արժանանում միջազգային ճանաչման։ 1962 թ. հաստատությունն անվանակոչվում է հայոց գրերը ստեղծող Մեսրոպ Մաշտոցի անունով։
Հետագայում, գործունեության ընդարձակման և հավաքածուի աճի պայմաններում 2011 թ. կառուցվում է Մատենադարանի նոր և ընդարձակ գիտական մասնաշենքը (ճարտարապետ Արթուր Մեսչյան)։
Այժմ Մատենադարանում պահվող շուրջ 20000 ձեռագրերը (հայերեն և այլալեզու) ընդգրկում են հայ հին և միջնադարյան գիտության ու մշակույթի գրեթե բոլոր բնագավառները՝ պատմություն, աշխարհագրություն, քերականություն, փիլիսոփայություն, իրավունք, բժշկություն, մաթեմատիկա, տիեզերագիտություն, տոմարագիտություն, թարգմանական ու ազգային գրականություն, մանրանկարչություն, երաժշտություն և թատրոն:
Մատենադարանում հայերեն ձեռագրերից բացի պահվում են հունարեն, արաբերեն, պարսկերեն, ասորերեն, լատիներեն, եթովպերեն, վրացերեն, եբրայերեն և այլ լեզուներով ձեռագրեր։ Միջնադարում կատարված հայերեն թարգմանութունների շնորհիվ կորստից փրկվել են բազմաթիվ բնագրեր, որոնք չեն պահպանվել մայր լեզուներով, հայտնի են միայն հայերեն թարգմանությամբ։ Գիտահետազոտական, ձեռագրերի վերականգնման և հրատարակչական բազմաբնույթ աշխատանքներին զուգահեռ Մատենադարանը շարունակում է ձեռագրերի հավաքչական աշխատանքը` նվիրատվությունների և գնման ճանապարհներով:
Մատենադարանի տնօրեններ են եղել ակադեմիկոս Լևոն Խաչիկյանը (1954-1982), ակադեմիկոս Սեն Արևշատյանը (1982-2007), բանասիրական գիտությունների դոկտոր Հրաչյա Թամրազյանը (2007-2016)։ 2016-2023 թթ. Մատենադարանի տնօրենն է եղել պատմական գիտությունների դոկտոր Վահան Տեր-Ղևոնդյանը: 2023 թ. հուլիսի 17-ին այդ պաշտոնում ընտրվել է արվեստագիտության թեկնածու Արայիկ Խզմալյանը։
2002-2017 թթ. Մատենադարանն ունեցել է ՊՈԱԿ-ի կարգավիճակ, որից հետո վերածվել է պետական հիմնադրամի։ 1997 թ. Մատենադարանը գրանցվել է ՅՈՒՆԵՍԿՕ-ի «Համաշխարհային հիշողության» ցանկում և համարվում է հայոց ազգային հիշողության պահպանման և զարգացման ամենակարևոր վայրերից մեկը: Մատենադարանը, որը մեր ժողովրդի մտավոր ժառանգության գանձարանն է, այսօր գիտահետազոտական ինստիտուտի և թանգարանի գործառույթները զուգակցող, միջազգային ճանաչում և բարձր վարկանիշ ունեցող հաստատություն է, որը դարձել է նաև մայրաքաղաք Երևանի և Հայաստանի խորհդանիշներից մեկը։