Մաշտոցի անվան Մատենադարանի ինչպես հայերեն ձեռագրերի, այնպես և արխիվային ֆոնդերի հիմքում ընկած է Մայր Աթոռի նախկին հավաքածուն։
Արխիվային բաժնի հավաքածուի ամենաարժեքավոր ֆոնդը Կաթողիկոսական դիվանն է, որտեղ պահվում են հայերեն և այլ լեզուներով 42 հազարից ավելի վավերագրեր և պատմամշակութային մեծարժեք փաստաթղթեր, այդ թվում` կաթողիկոսների կոնդակներ, կայսերական հրովարտակներ, այլալեզու վավերագրեր և այլն: Հայերեն հավաքածուն ժամանակագրական առումով ընդգրկում է 976 թվից 1975 թվականը։ Հազվագյուտ այլալեզու վավերագրերից են Եկատերինա II-ի, Պավել I-ի, Ալեքսանդր III-ի, Նիկոլայ II-ի, Նապոլեոն I-ի հրովարտակները, հնագույն պարսկերեն ֆերմաններն ու արաբատառ գրությունները: Արխիվային բաժնում առկա են բազմաթիվ անհատական ֆոնդեր: Այստեղ պահվում են ավելի քան 500 հազար արխիվային փաստաթղթեր, որոնք անգնահատելի աղբյուր են ինչպես հայ, այնպես էլ այլ ազգերի պատմական, տնտեսական, քաղաքական, ռազմական, հասարակական, կրոնական ու մշակութային կյանքը լուսաբանելու առումով: Արխիվային բաժնում պահվում են նաև հայ և եվրոպացի հայագետների, հայոց հոգևոր առաջնորդների, մշակույթի ու գիտության առաջատարների ինքնագրերը (հոդվածներ, աշխատություններ, նամակներ, անձնական փաստաթղթեր), լուսանկարները: Արժեքավոր հավաքածուներից են Ներսես Աշտարակեցու, Լազարյանների, Ալ. Երիցյանի, Գարեգին Հովսեփյանի, Հակոբ Մանանդյանի, Արշակ Ալպոյաճյանի և այլոց արխիվային ֆոնդերը:
Մատենադարանի արխիվը շարունակում է համալրվել արխիվային մեծարժեք փաստաթղթերով: Համալրման գործում իրենց ներդրումն ունեն առանձին անհատներ, որոնց ջանքերի շնորհիվ տարբեր վայրերից հավաքվում և Մատենադարանին են նվիրաբերվում արխիվային տարաբնույթ հավաքածուներ: Վերջին տարիների ձեռքբերումներից են Համազասպ և Վիկտոր Համբարձումյանների, Սիրարփի Տեր-Ներսիսյանի, Վարագ Առաքելյանի, Խաչիկ Սամվելյանի, Նուպար Դավիթյանի, Լևոն Մկրտչյանի, Կոստան Զարյանի և այլոց ֆոնդերը, Ավո Հովհաննիսյանի, Ռուբեն Գալիչյանի անձնական հավաքածուները, Եղիշե Չարենցի ձեռագրերը, Ադանայի Հայոց Առաջնորդարանի գործավարական մատյանները և այլն:
Մատենադարանի գիտական մասնաշենքում գտնվող արխիվապահոցը զինված է ջերմության, խոնավության և լույսի թույլատրելի նվազագույն ու առավելագույն չափաքանակները վերահսկող, նաև հակահրդեհային, արխիվային փաստաթղթերի կորուստն ու հափշտակումը կանխող, շուրջօրյա տեսահսկողությունն ապահովող սարքավորումներով:
Բաժնի վարիչ՝ Արմեն Մալխասյան
պատմական գիտությունների թեկնածու
Հեռախոս՝ (010) 513020, ներքին` 1-48